ההבדל בין קרן פנסיה לבין קופת גמל הוא מהותי כאשר שניהם הם אפיקי חיסכון הפנסיוני.
1. הכיסוי הביטוחי – קרן פנסיה מכילה רכיב ביטוחי חיים ואובדן כושר עבודה. קופת גמל אינה מכילה רכיב ביטוחי.
2. דמי הניהול בקרן פנסיה ניתן לגבות לכל היותר 6% מההפקדות ו- 0.5% מהצבירה. קופת גמל יכולה דמי ניהול עד 4% מההפקדות ועד 1.05% מהצבירה.
3. אגרות חוב מיועדות – תשואה מובטחת של המדינה על 30% מהחסכונות בקרנות הפנסיה בשיעור של 4.86%. הממשלה מנסה להחליף את המנגנון שיבטיח תשואה גבוהה אף יותר. בקופת גמל אין מנגנון להבטיח תשואה.
4. משיכת הכסף בגיל פרישה – עד שנת 2008 היה קיים שוני הבדל בין אופן משיכת הכספים של שני אפיקי החיסכון.